Troupeau abattu sur ordre de l’administration : la nouvelle instruction chiffre ce que l’État verse — et ce qu’il retranche
Le texte est l’instruction technique DGAL/SDPRS/2026-455 du 28 juillet 2026, publiée le 30 juillet, classée en diffusion « tout public » et parue au sommaire du Bulletin officiel du ministère de l’agriculture, de l’agro-alimentaire et de la souveraineté alimentaire à la date du 6 août 2026. Sa date de mise en application est « immédiate ». Elle abroge l’instruction DGAL/SDPRS/2025-469 du 17 juillet 2025, publiée le 23 juillet 2025, qui portait le même objet, et signale ses propres modifications par un fond grisé. Elle est signée par la directrice générale adjointe de l’alimentation, Marie-Christine Le Gal.
Le champ est celui des bovins dont l’abattage total ou sélectif est ordonné par l’administration, y compris les abattages à visée diagnostique. Un point mérite d’être lu avant tout le reste : le dispositif est pris en application d’un régime d’aide exempté qui exclut les grandes entreprises du bénéfice de l’aide compensatoire au titre des animaux abattus et des produits détruits sur ordre de l’administration. Sont également exclues les entreprises en difficulté — sauf si elles démontrent que leurs difficultés financières sont liées à la maladie ayant entraîné l’abattage — et celles qui font l’objet d’une injonction de récupération d’aides d’État non encore remboursées ; ces dernières peuvent toutefois bénéficier de l’aide au titre des opérations de nettoyage et de désinfection. Une exploitation reste dans la catégorie des PME si son effectif ne dépasse pas 250 personnes et si son chiffre d’affaires annuel n’excède pas 50 millions d’euros ou son bilan annuel 43 millions d’euros ; l’un des deux seuils suffit.
Ce que l’État rembourse : la valeur de remplacement
L’indemnisation ne répare pas l’intégralité du préjudice, et l’instruction le dit sans détour : les indemnisations « n’ont pas pour objectif de replacer l’entreprise dans la situation où elle se trouvait avant qu’elle ne soit impactée par la maladie concernée » ; « elles ne réparent pas l’intégralité du préjudice subi par l’entreprise mais visent à pallier une partie des pertes ».
Ce qui est couvert s’appelle la valeur de remplacement : la valeur marchande objective de chaque animal (VMO), augmentée des frais directement liés au renouvellement du cheptel. Ces frais sont plafonnés ou forfaitisés :
- Frais sanitaires d’introduction : « à concurrence d’un plafond de 70 € par animal », sur factures réelles (intervention du vétérinaire sanitaire, analyses de laboratoire) ;
- Frais d’approche et de transport : « participation forfaitaire de 75 € par animal réintroduit », sur présentation des factures d’achat ;
- Besoins supplémentaires en repeuplement, pour les vaches reproductrices : « 15 % de la valeur marchande objective des femelles reproductrices de plus de 24 mois présentes à la date de l’expertise » ;
- Déficit momentané de production, détaillé ci-dessous.
Ces frais — le déficit momentané de production excepté — ne sont versés que pour les animaux effectivement réintroduits, dans un délai d’un an après la levée de l’arrêté préfectoral de déclaration d’infection (APDI). Un passage grisé, donc nouveau, ouvre une soupape : « Dans des cas justifiés, par exemple levée de l’APDI avant la levée d’un arrêté de zonage limitant les mouvements de bovins, le préfet peut décider d’augmenter ce délai de repeuplement. Cette prolongation ne pourra pas excéder 12 mois. »
Le déficit momentané de production, un calcul à part pour les laitiers
C’est ici que l’élevage laitier se distingue de l’allaitant. Pour les élevages laitiers, l’indemnité « est basée sur la production commercialisée sur la période de l’année précédente correspondant aux trois mois suivant la date de l’expertise, au prix de vente moyen réalisé sur cette période, diminué du coût des concentrés alimentaires ».
Le préfet peut décider de doubler ce montant pour tenir compte des spécificités des élevages laitiers en agriculture biologique ainsi que de celles d’un assainissement par abattage partiel. La version 2026 précise, en grisé, comment procéder : « Il ne s’agit pas de calculer un déficit momentané de production sur 6 mois, mais bien de calculer, comme pour tous les élevages laitiers, le déficit momentané de production sur 3 mois », puis de le doubler. Elle ajoute une restriction en abattage sélectif : le doublement par vache n’est possible que « pour les animaux abattus lors du déstockage ou du premier contrôle d’assainissement (C0 ou C1) », les animaux abattus lors des contrôles de requalification C2 et C3 n’y étant pas éligibles.
Autre précision nouvelle, celle-ci favorable à l’éleveur : « Les volumes produits avec les nouveaux animaux après repeuplement n’ont pas à être déduits du DMP. » Le déficit est traité comme une indemnisation forfaitaire liée au bovin abattu, versée en même temps que la valeur marchande objective.
Nettoyage-désinfection : 75 %, ou 100 % pour trois maladies
Le principe reste une prise en charge par l’État de 75 % des dépenses hors taxes, sur présentation des factures d’une entreprise disposant de l’agrément CERTIBIOCIDE — le montant TTC étant retenu si l’exploitant n’est pas assujetti à la TVA. Le taux passe à 100 % du montant HT « dans le cadre de la lutte contre tuberculose bovine, la brucellose bovine et la dermatose nodulaire contagieuse ». Ce passage figure en grisé, comme celui qui cite désormais la dermatose nodulaire contagieuse parmi les crises sanitaires majeures justifiant la désignation anticipée, par la DD(ETS)PP et en concertation avec les professionnels, de quelques experts — « 4 à 6 maximum si possible » — chargés de l’ensemble des expertises à venir.
Un garde-fou budgétaire apparaît également : lorsque le protocole de nettoyage-désinfection reçu par la DDPP dépasse 20 000 € HT, celle-ci le soumet au BSA pour vérification de la proportionnalité des mesures proposées.
La partie de l’instruction consacrée aux réfactions ne concerne que la tuberculose bovine. Ses taux sont sévères : 50 % de la VMO et du déficit momentané de production de l’atelier en cas de non-réalisation des dépistages obligatoires, de refus de contrôle ou de non-respect des prescriptions sanitaires ; 100 % de la VMO et du déficit des animaux concernés en cas d’absence ou de retard de notification d’un mouvement ; jusqu’à 50 % sur l’ensemble du troupeau en cas de non-respect des mesures prescrites par arrêté préfectoral, le tableau de synthèse détaillant 50 % pour la limitation de mouvement, l’assainissement du troupeau et celui des espaces d’élevage, 30 % pour les mesures de biosécurité et 15 % pour l’obligation de formation. Ces taux s’appliquent aussi aux frais liés au renouvellement.
Le plafond de cumul des réfactions : « Ces réfactions sont cumulatives dans la limite de 80% du montant total de l’indemnisation. »
Ce qui n’est pas indemnisé
La liste est courte et sans ambiguïté. Ne sont pas pris en charge : le temps de travail et la main-d’œuvre fournis par l’éleveur pour l’exécution des mesures de lutte ; le curage des fumiers, les démontages éventuels d’équipements et le nettoyage, qui restent à sa charge ; les frais d’équarrissage et de saisie. Et cette règle, énoncée par l’annexe « modalités pratiques d’indemnisation des abattages ordonnés par l’administration » jointe au modèle de courrier de notification, qui peut coûter cher dans un foyer où la maladie tue : « Tout animal expertisé qui meurt dans l’élevage n’ouvre le droit au versement d’aucune indemnisation de la part de l’administration. » Les naissances survenues entre l’expertise et l’abattage ne donnent lieu à aucune indemnisation complémentaire.
Sur le plan fiscal, les indemnités ne sont pas soumises au régime de la TVA : les montants sont toujours hors taxes, et c’est la valeur bouchère hors taxes qui est déduite de l’estimation — sauf si le bénéficiaire n’est pas assujetti à la TVA, auquel cas c’est le montant TTC de la valorisation bouchère qui est retranché, à charge pour lui d’apporter la preuve de son non-assujettissement.
Les pièces à réunir pour un cheptel laitier sont énumérées au point 5.2, qui liste ce qu’il faut joindre au dossier transmis à la DGAL : factures de ventes et d’achats d’animaux sur deux ans, ou davantage si elles sont moins de dix, attestations de qualité troupeau, index génomique ISU ou NG, diagnostics de gestation, quantité de lait livrée l’année n-1 et moyenne du contrôle laitier, prix de base du lait établi à partir des données FranceAgriMer (moyenne annuelle prix standard 38-32 en euros pour 1 000 litres) et, pour un contrat de vente, paies de lait des douze derniers mois. Si vous transformez et commercialisez vous-même, l’instruction prévoit explicitement « les factures relatives aux coûts des opérations d’abattage, de transformation, de colisage, de transport et de commercialisation en cas de vente directe ou de filière courte » : conservez-les, elles font partie des pièces à joindre au dossier.
Pourquoi maintenant
Le calendrier n’est pas anodin. Selon le point de situation du ministère de l’agriculture, page datée du 18 juin 2026, la dermatose nodulaire contagieuse a été détectée en France pour la première fois le 29 juin 2025, en Savoie ; 117 foyers ont été détectés au total, et « aucun nouveau foyer n’a été détecté en France depuis le 2 janvier ». Parmi les mesures de lutte énumérées par le ministère figure le dépeuplement total des bovins des foyers, c’est-à-dire exactement la situation que cette instruction chiffre.
Questions fréquentes
L’instruction technique DGAL/SDPRS/2026-455 du 28 juillet 2026, « Indemnisation des bovins abattus sur ordre de l’administration », publiée le 30 juillet 2026 et parue au sommaire du Bulletin officiel du ministère de l’agriculture du 6 août 2026. Sa date de mise en application est immédiate. Elle abroge l’instruction DGAL/SDPRS/2025-469 du 17 juillet 2025, publiée le 23 juillet 2025.
Les frais sanitaires d’introduction sont pris en charge à concurrence d’un plafond de 70 € par animal, sur factures. Les frais d’approche et de transport font l’objet d’une participation forfaitaire de 75 € par animal réintroduit. Les besoins supplémentaires en repeuplement représentent 15 % de la valeur marchande objective des femelles reproductrices de plus de 24 mois présentes à la date de l’expertise. Ces frais ne sont versés que pour les animaux effectivement réintroduits, dans un délai d’un an après la levée de l’arrêté préfectoral de déclaration d’infection, que le préfet peut prolonger de douze mois au plus dans des cas justifiés.
Il est basé sur la production commercialisée sur la période de l’année précédente correspondant aux trois mois suivant la date de l’expertise, au prix de vente moyen réalisé sur cette période, diminué du coût des concentrés alimentaires. Le préfet peut décider de doubler ce montant pour les élevages laitiers en agriculture biologique et pour un assainissement par abattage partiel : il s’agit alors de calculer le déficit sur trois mois, puis de le doubler, et non de le calculer sur six mois.
Non. Le doublement du déficit par vache n’est possible que pour les animaux abattus lors du déstockage ou du premier contrôle d’assainissement, C0 ou C1. Les animaux abattus lors des contrôles de requalification C2 et C3 n’y sont pas éligibles, l’exploitant retrouvant sa qualification moins de trois mois après le contrôle C2.
75 % du montant hors taxes de la facture d’une entreprise disposant de l’agrément CERTIBIOCIDE, et 100 % du montant hors taxes dans le cadre de la lutte contre la tuberculose bovine, la brucellose bovine et la dermatose nodulaire contagieuse. Lorsque le protocole soumis à la DDPP dépasse 20 000 € HT, il est transmis au BSA pour vérification de la proportionnalité des mesures.
Les réfactions prévues au chapitre 3 concernent la tuberculose bovine. Elles atteignent 50 % de la valeur marchande objective et du déficit momentané de production de l’atelier en cas de non-respect des obligations de prophylaxie ou des mesures de surveillance sanitaire, 100 % pour les animaux concernés par un mouvement non notifié ou notifié en retard, et jusqu’à 50 % sur l’ensemble du troupeau en cas de non-respect des mesures prescrites par arrêté préfectoral. Elles sont cumulatives dans la limite de 80 % du montant total de l’indemnisation et s’appliquent également aux frais liés au renouvellement.
Le temps de travail et la main-d’œuvre fournis pour l’exécution des mesures de lutte, le curage des fumiers, les démontages éventuels d’équipements et le nettoyage, ainsi que les frais d’équarrissage et de saisie. Les animaux morts dans l’élevage, quelle qu’en soit la cause, n’ouvrent droit à aucune indemnisation, et les naissances survenues entre l’expertise et l’abattage ne donnent lieu à aucune indemnisation complémentaire.
