Deux semaines que la réforme est en vigueur, et la confusion s’installe : un client qui menace de ne plus payer une facture papier, un voisin qui jure qu’il faut tout basculer avant la fin du mois. Le guide pratique publié par la Direction générale des Finances publiques permet de trier, et il le fait noir sur blanc. Voici ce qui vous concerne réellement si vous transformez du lait en petite structure.

Ce qui a changé le 1^er septembre 2026, et ce qui n’a pas changé

La DGFiP a publié, en juillet 2026, un document intitulé « Facturation électronique : guide pratique de démarrage au 1^er septembre 2026 ». Parmi les principes qu’il pose, le premier est le maintien du calendrier légal : « À compter du 1^er septembre 2026, les entreprises concernées par la réforme doivent avoir la capacité de recevoir des factures électroniques. Les entreprises soumises à l’obligation d’émission doivent émettre leurs factures électroniques par l’intermédiaire d’une plateforme agréée. » Le guide rattache cette mécanique à l’article 289 bis du code général des impôts, qui « prévoit que l’émission, la transmission et la réception des factures électroniques s’effectuent en recourant à une plateforme agréée ».

Deux obligations, donc, et deux dates. Elles ne tombent pas ensemble pour tout le monde, et c’est là que se joue l’essentiel pour un atelier fermier ou une petite fromagerie.

Recevoir : l’obligation court depuis le 1^er septembre 2026

Sur ce point, le guide ne laisse pas de marge : « toutes les entreprises concernées par la réforme doivent avoir la capacité de recevoir des factures électroniques dès le 1^er septembre 2026 ». Concrètement, vos fournisseurs — ferments, emballages, énergie, matériel — vont progressivement basculer leurs factures dans le circuit électronique, et il faut qu’elles puissent vous parvenir.

Si vous n’avez encore rien fait, la marche à suivre figure dans le guide : l’entreprise qui n’a pas désigné de plateforme « doit donc engager cette démarche sans attendre, directement auprès d’une plateforme agréée ou par l’intermédiaire de sa solution habituelle : logiciel de gestion, logiciel de comptabilité, expert-comptable, banque ou autre prestataire ». Autrement dit, dans la plupart des petits ateliers, la question se règle par un appel à son cabinet comptable ou à l’éditeur de son logiciel — pas par un chantier informatique.

Une facture papier reçue après le 1^er septembre reste payable et déductible, sous deux conditions

C’est la question qui inquiète le plus, et la réponse du guide est un « oui », assorti de deux conditions. À la question « Je reçois une facture par mail, PDF ou papier après le 1^er septembre 2026 : puis-je la traiter, la payer et déduire la TVA ? », la DGFiP répond : « Oui. Une facture reçue par mail, PDF ou papier ne doit pas être écartée au seul motif qu’elle n’a pas été transmise par le circuit électronique attendu, lorsqu’elle correspond à une opération réelle et comporte les éléments nécessaires à son traitement. »

Le guide énonce d’ailleurs, parmi ses trois principes, celui de la continuité économique : la réforme « modifie les modalités de transmission des factures entre entreprises », mais elle « ne modifie pas les règles de fond relatives à l’existence de l’opération, à la dette commerciale, au paiement, à la comptabilisation de la facture ou au droit à déduction de la TVA ».

Si un client vous réclame une facture électronique que vous n’avez pas à émettre

Le cas est prévu par le guide : une enseigne, un grossiste ou une collectivité vous annonce qu’elle n’accepte plus que l’électronique. Le guide est net : une PME, une TPE ou une micro-entreprise qui n’a pas choisi d’entrer volontairement dans le dispositif « peut continuer à émettre ses factures selon ses modalités habituelles jusqu’à son échéance légale, sous réserve des règles de facturation déjà applicables et des obligations particulières qui pourraient exister par ailleurs, notamment pour les factures adressées à la sphère publique ». Et il ajoute cette phrase, qui vaut d’être gardée sous le coude : « Un client ne doit donc pas refuser le traitement ou le paiement d’une facture au seul motif qu’elle n’est pas électronique. »

En cas de désaccord, le guide indique que l’entreprise « peut rappeler à son client que son obligation d’émission électronique ne commence qu’au 1^er septembre 2027, tout en indiquant, le cas échéant, sa trajectoire de préparation ». La réserve sur « la sphère publique » mérite attention : si vous livrez une cantine scolaire ou un hôpital, la facturation électronique vers le secteur public obéit à des règles qui lui sont propres et qui, elles, sont anciennes.

Et le e-reporting ? Pas pour vous en 2026

Le troisième étage de la réforme, la transmission de données de transaction et de paiement à l’administration, est souvent confondu avec la facturation. Le guide précise que « l’obligation de transmission des données de e-reporting s’applique, à compter du 1^er septembre 2026, aux grandes entreprises et aux entreprises de taille intermédiaire pour les opérations concernées par le calendrier de la réforme ». Un atelier de transformation fermière n’entre pas dans ces deux catégories.

Et si vous êtes en retard : mise en demeure avant sanction

Le guide décrit une « approche de démarrage » qui, écrit-il, « tiendra compte des difficultés réelles, documentées et suivies d’actions de correction », et il prend soin de préciser qu’elle « ne constitue ni un report ni une suspension de l’obligation ». Elle ne couvre pas « les comportements consistant à ignorer durablement l’obligation, à ne pas engager de démarche […] » ou à se servir des difficultés de démarrage « comme prétexte pour bloquer les paiements ou retarder la mise en conformité ».

Sur le volet qui vous concerne aujourd’hui — la réception —, le guide indique que « le défaut de recours à une plateforme agréée fait l’objet d’un mécanisme de mise en demeure avant sanction dans les conditions prévues par l’article 1737 IV bis du CGI ». Les références citées en clôture du guide sont les articles 1737, 1788 D, 289 bis, 290 et 290 A du code général des impôts ; le document en mobilise d’autres au fil de ses réponses, dont l’article 289 E.

Ce qu’il reste à vérifier avec votre comptable

Le guide raisonne sur « les entreprises concernées par la réforme » sans redéfinir ce périmètre. Deux situations courantes en transformation fermière méritent donc une réponse personnalisée plutôt qu’une règle générale : celle des exploitants relevant de la franchise en base de TVA ou du remboursement forfaitaire agricole, et celle des ventes directes au consommateur à la ferme ou sur les marchés, qui ne sont pas des opérations entre entreprises. Nous ne trancherons pas ici ce que le document de la DGFiP ne tranche pas. Posez ces deux questions à votre centre de gestion ou à votre expert-comptable, qui répondra au vu de votre situation.

Questions fréquentes

Sources

• Direction générale des Finances publiques, Facturation électronique : guide pratique de démarrage au 1^er septembre 2026, juillet 2026, 34 pages — impots.gouv.fr (consulté le 15 septembre 2026).
• Code général des impôts, articles 289 bis, 290, 290 A, 1737 et 1788 D, cités en références par le guide précité.
• Code général des impôts, article 1737, IV bis — Légifrance, consulté le 15 septembre 2026.

Cet article présente l’état d’un document administratif à sa date de publication. Il ne remplace pas l’avis d’un professionnel du chiffre sur votre situation.